Véritable parlement local de l’eau, la CLE a pour rôle d’élaborer et de réviser le SAGE, et de veiller à sa mise en application. Elle est sollicitée pour avis sur les dossiers « loi sur l’eau » soumis à autorisation et concernant le périmètre du SAGE.
Elle est composée de 3 collèges, celui des élus, celui des usagers et celui des représentants de l’Etat et des organismes publics, dont la liste des membres fait l’objet d’un arrêté préfectoral sur proposition des divers organismes représentés. Elle comporte actuellement 50 membres : 25 élus, 15 usagers et 10 représentants de l’Etat. Sa composition suit des règles précises. Le Président est désigné par le collège des élus dont il est obligatoirement issu.
La CLE se réunit environ 2 fois par an. Elle s’appuie sur un bureau (20 membres), ainsi que sur des commissions thématiques.
Le fonctionnement de la CLE est assuré par une structure porteuse, le Syndicat du Bassin Versant de Grand Lieu.