De tout temps, la question du niveau d’eau du lac a été un sujet de préoccupation, voire de conflits, à Grand-Lieu.
Progressivement des obstacles artificiels à l’écoulement (endiguements, pêcheries…) ont été construits à l’aval, et ont réduit la capacité d’exondation (évacuation de l’eau) du lac. Vers 1870, la construction de la chaussée de Saint-Mars à Bouaye a encore accentué cette réduction. Enfin, en 1960, la construction du vannage de Bouaye a achevé le processus d’artificialisation du lac.
Aujourd’hui, il est donc possible de réguler dans une certaine mesure les niveaux d’eau.
Toutefois les activités pratiquées à Grand-Lieu ont parfois des exigences contradictoires :
Ces éléments illustrent la difficulté d’avoir un niveau d’eau qui convienne à tout moment à tous les usages. C’est pourquoi, la cote du lac a été définie par un arrêté ministériel, signé en 1996, et qui définissait les cotes suivantes (cotes en échelle dite de Buzay, mesurées au vannage de Bouaye) :
Cet arrêté s’avérant vite inapplicable pour permettre une gestion normale des prés-marais par les éleveurs, son application a été très rapidement suspendue, et depuis lors il s’applique à titre expérimental un régime de cotes abaissées en mai-juin et octobre.
Par ailleurs, un arrêté modificatif a été signé le 23 juillet 2003, encadrant le système de cotes expérimentales.
C’est le Syndicat d’Aménagement Hydraulique Sud-Loire (SAH) qui est chargé d’appliquer ce règlement d’eau, en veillant en outre à ne pas perturber le fonctionnement du système hydraulique aval (Acheneau/Canal maritime) par des débits trop élevés.
Malgré les aménagements de l’arrêté de 1996, une dégradation progressive des prairies et des roselières est observée, indiquant que la gestion actuelle des niveaux n’est pas encore satisfaisante pour le bon fonctionnement des écosystèmes. Il est à noter également que le système de cotes s’applique de la même façon, que la période soit sèche ou humide.
De nouvelles discussions se sont engagées entre les différents acteurs. Elles impliquent davantage la partie située en aval du lac, et prennent mieux en compte la question du franchissement piscicole et sédimentaire au niveau du vannage.
Ainsi, au cours de l’été 2012, de nouvelles côtes ont été définies à titre expérimental afin de trouver un équilibre plus durable dans la gestion délicate des niveaux d’eau du lac :