Des ruptures d’écoulements sont fréquentes en période d’étiage sur les cours d’eau du bassin versant. A contrario le sous bassin versant du pourtour du lac de Grand Lieu a des ressources en eau conséquentes.
Le SAGE (2002) a mit en évidence l’insuffisance de la ressource en eau en période d’étiage pour satisfaire les besoins pour l’irrigation, pour la vie biologique et pour les autres activités humaines de loisirs comme la pêche.
Le travail de concertation sur la gestion quantitative des eaux sur les cours d’eau à débuté en 2003. Ce travail était mené par la DDEA 44 (DDTM) et le Syndicat du Bassin Versant de Grand Lieu. Celui-ci a conduit à la mise en place d’échelles de niveaux, puis en la fixation de seuils d’alerte et de restriction qui ont été intégrés aux arrêtés cadres des deux départements en 2006.
Les volumes prélevés directement en cours d’eau pour l’irrigation en période d’étiage ont été quantifiés. Une campagne d’information a été menée pour informer les irrigants des possibilités de financements dans le cadre de réalisation de retenues de substitution.
Dans le sous bassin du lac de Grand-Lieu une nappe en connexion avec le lac est présente. Elle localement nommée « la nappe des sables »
En 2005 une action pour identifier les prélèvements existants a été amorcée. L’association des irrigants, crée en 2004, a apporté les éléments à l’administration. Après une étude réalisée par le BRGM sur les capacités de la nappe, une demande a été faîte auprès de la Commission Locale de l’Eau et de l’administration pour régulariser les prélèvements existants et permettre une augmentation de ceux-ci.
En 2007 la CLE a validé les volumes prélevés pour l’irrigation dans la nappe des sables en connexion avec le lac de Grand Lieu. Cette action vise à répondre à l’objectif de maîtrise des prélèvements dans le lac et dans sa zone d’influence.